Klepacki trong một thời gian ngắn làm việc trên album solo rồi sau đó mới gia nhập Petroglyph Gamers như là giám đốc âm thanh toàn phần vào năm 2004 [25]. Ông chuẩn bị bằng cách trở nên thành thạo trong các yêu cầu và nhu cầu của công việc [25]. Nhiệm vụ đầu tiên của ông là ghi nhạc cho Star Wars: Empire at War, tựa game khởi động của Petroglyph Games; ông cũng giúp chọn diễn viên lồng tiếng [34]. Một fan hâm mộ trung thành của thương hiệu Star Wars, Klepacki thích bổ sung phong cách của John Williams vì ông đã làm việc với các hiệu ứng âm thanh được sử dụng trong các bộ phim [18]. Ông làm việc chặt chẽ với nhà lập trình để đảm bảo chức năng âm thanh hoàn hảo. Mặc dù ghi nhạc cho trò chơi là công việc của John Williams, Klepacki ước tính rằng ông đã đóng góp 20% chất liệu gốc. Ngoài nhạc chủ đề chính, ông cũng giảm thiểu chỉnh sửa của mình để giữ lại âm thanh Star Wars cổ điển [18]. Chủ yếu công việc của ông bao gồm trong khu vực mới của vũ trụ Star Wars chỉ được tìm thấy trong Empire at War. Ông kêu gọi công việc của mình trên trò chơi là "đỉnh cao sự nghiệp của tôi," [25] và cảm thấy ông đã dành toàn bộ cuộc sống của mình để chải chuốt khả năng của mình cho soundtrack đó [16]. Như là một perk sáng tác, ông đã đến thăm Skywalker Ranch và Industrial Light and Magic, và tự hào trong việc có tên của ông gắn liền với một sản phẩm Star Wars chính thức [35][36].

Đối với bản mở rộng Forces of Corruption, ông tự do sáng tạo nhiều hơn với Star Wars bằng cách viết một bài chủ đề gốc cho phe tội phạm mới [25]. Trong nỗ lực để soạn tác phẩm này, ông đã viết một số móc sơ bộ mà sau đó được tích hợp vào nhạc chủ đề chiến đấu của trò chơi [37]. Chúng bao gồm 6 phần cho tổng số mở rộng, bao gồm cả nhạc chủ đề kết thúc. Để phù hợp với chủ đề tội phạm của trò chơi, Klepacki vay mượn các họa tiết và tái tạo lại tâm trạng từ những cảnh liên quan đến Jabba the Hutt trong Star Wars Episode VI: Return of the Jedi [38]. Các bài nhạc của ông cho bản mở rộng đã được chấp nhận khi nộp hồ sơ cho LucasArts [38]. Là giám đốc âm thanh của Petroglyph Gamers, ông cũng được quyền lựa chọn hiệu ứng âm thanh-một quá trình khó khăn do việt âm thanh của phe tội phạm có một "chút khác biệt, mà không đi lạc quá nhiều từ các âm thanh chữ ký gốc" [37]. Klepacki làm việc với LucasArts để chọn diễn viên lồng tiếng, và đóng góp tài năng của mình với vai trò của IG-88 và các nhân vật phụ [37]. Giọng lồng tiếng của ông được phát hành trên diễn đàn của Petroglyph sau khi có một ngàn thành viên đăng ký [39]. Frank Klepacki được liên lạc để soạn nhạc cho Command & Conquer 3, nhưng quá bận rộn với nhiệm vụ tại Petroglyph và từ chối đề cập công khai lời đề nghị [5][6]. Electronic Arts do đó thuê Steve Jablonsky sọan nhạc cho trò chơi [40]; một quản lý cộng đồng EA tại C&C 3 đề nghị rằng nhóm nghiên cứu âm thanh nên nghiên cứu âm nhạc của Klepacki và cố gắng tạo lại phong cách của ông [41]. Klepacki cảm thấy Command & Conquer là một phần quan trọng của cuộc đời mình và ông thích trở về thời đại Tiberian [8]. Ông thừa nhận rằng việc làm tại Petroglyph Gamers có thể ngăn cản ông làm việc với Electronic Arts [6].

Dự án tiếp theo Klepacki của là một trò chơi hợp tác bởi SEGA và Petroglyph là Universe at War: Earth Assault [16]. Tính đến tháng 12 năm 2006, ông đã sáng tác bài hát cho nhiều phe phái khác nhau và được hưởng các cơ hội "để tạo ra một cái gì đó mới một lần nữa, không dựa trên... sở hữu trí tuệ hiện tại [42][43]. Klepacki "bắt đầu tính đến những gì bài hát được xác định là fan hâm mộ yêu thích trong... công việc liên quan quá khứ" [43]. Ông được phỏng vấn về quá trình sáng tạo vào ngày 27 tháng 3 năm 2007 bởi Kevin Yu, một quản lý cộng đồng của Petroglyph và cung cấp một tour du lịch chi tiết của xưởng của ông tại công ty [44]. Văn phòng của ông bao gồm một trong các máy tính nhanh nhất tại Petroglyph và một gian hàng thanh nhạc mà câu trả lời của các đơn vị và những âm thanh khác đã được thử nghiệm và tinh chỉnh trước khi diễn viên lồng tiếng kết thúc công việc [44]. Klepacki vui mừng rằng Universe of War đã không yêu cầu sự tuân phục chặt chẽ với một phong cách cụ thể. Tuyên bố bất ngờ của ông là trong cửa hàng cho người hâm mộ Command & Conquer chờ đợi ông trở về "cội nguồn" và "phong cách nhạc adrenaline", và đề nghị rằng họ "tưởng tượng suy nghĩ của tôi...khi Command & Conquer lần đầu tiên xuất hiện, và thêm khoảng mười lăm năm kinh nghiệm đó" [43][44]. Klepacki tóm tắt phong cách chính của trò chơi trong khoảng thời gian ngắn trước khi phát hành:

“ Đối với Hierarchy—chủng tộc ngoài hành tinh xấu xa của chúng tôi-tôi đi theo một âm hưởng rock heavy metal, để đi cùng với cách họ giẫm đạp lên tất cả mọi thứ trên bản đồ với các đơn vị walker to lớn của họ. Novus-phe công nghệ cao, đánh và chạy của chúng tôi-được đặc trưng bằng điện tử công nghiệp để đi cùng với cảm giác robot tương lai của họ. Đối với phe thứ ba của chúng tôi, Masari-phe cổ xưa như các vì sao-tôi cung cấp một cảm giác dao hưởng sử thi, với những ảnh hưởng của thế gian để phản ánh bản chất như thần thánh của họ và các liên kết có vấn đề với quá khứ của chúng ta. Một bài của Masari, "Divine Intervention", trở thành chủ đề trung tâm của toàn bộ trò chơi.[43] ”

Là giám đốc âm thanh, Klepacki cũng tạo ra nhiều hiệu ứng âm thanh cho Universe at War. Đối với phe Hierarchy ngoài hành tinh, ông tạo ra một thẩm mỹ "không tự nhiên" thông qua một "kho vũ khí của tiếng ồn đọc sai" [43]. Klepacki sử dụng một "sự kết hợp của cần cẩu nặng được ghi nhận với các tác động overdriven" để cung cấp cho walkers của phe này như một "menacing machinelike breathing sound", và ngôn ngữ riêng của mình để ghi lại "various grunts, growls, mannerisms, and strange vocalizations [43]. Kể từ khi các anh hùng của Hierarchy giao tiếp với người chơi bằng tiếng Anh, Klepacki chế các đối thoại có vẻ như người ngoài hành tinh "nói chuyện thần giao cách cảm với bạn, với một hiệu ứng mặt nạ trên tiếng nói của họ...như những lời được chuyển thẳng đến bộ não của bạn" [43]. Các hiệu ứng của Novus thường theo từng giai đoạn và tham gia "chuyển động cơ khí, điện, và âm thanh kim loại". Ông đã phát minh ra một ngôn ngữ khác cho hai nhân vật Viktor và Mirabel, đôi khi nói chuyện với nhau. Cuối cùng, ông dùng thời tiết và các âm thanh tự nhiên khác cho Masari, mô tả không khí của họ như là "more weight, thunder, heavy bass rumblings, vortex gusts..." [43] Klepacki chỉ đạo diễn xuất bằng giọng nói để có một cảm giác "cao quý và mạnh mẽ" mà không có vẻ ngoài thời trung cổ hay quá ấn tượng.[43]. Ông cuối cùng cảm thấy rằng mình đã làm công việc của "ba người" với Universe at War, như là trò chơi yêu cầu âm thanh thay đổi liên tục, yêu cầu cảnh giác và hỗ trợ lập trình [12] Divine Intervention sau đó được đề cử giải thưởng bởi Game Audio Network Guild và nhạc nền đã được phát hành như là một tải về miễn phí sau những nỗ lực của Petroglyph hướng tới việc phát hành truyền thống gây thất vọng [45][46].

Klepacki sau đó sáng tác 3 bài hát cho Command & Conquer: Red Alert 3, bao gồm Hell March 3. Hell March 3 được ghi lại với sự trợ giúp của một ban nhạc rock 4 mảnh cùng với dàn nhạc giao hưởng Skywalker Symphony Orchestra và hợp xướng ở Choir tại Skywalker Sound; choir cũng hát bằng tiếng Nga cho một phiên bản cập nhật của Grinder từ Red Alert 2 [47]. Ông nhận xét ​​trong năm 2008 rằng ông chưa không bao giờ chán Hell March và rất biết ơn vì nó đã gây được tiếng vang với nhiều người hâm mộ [46]. Trong khoảng thời gian này, ông sáng tác bằng cách sử dụng Cubase, Kontakt, MOTU 2408 và vài dụng cụ [12]. Phối hợp với Video Games Live, Klepacki thực hiện Hell March và phiên bản Red Alert 2 ở Las Vegas trong năm 2008, và sau đó thực hiện Hell March 3 ở Hà Lan với một dàn hợp xướng và choir thông qua loạt Games in Concert; ông mặc một bộ đồng phục quân đội Liên Xô nhập ngũ cho bài hát [20]. Klepacki bày tỏ mong muốn trong năm 2009 kà soạn nhạc cho loạt game Unreal Tournament và trò chơi Transformers tiếp theo, cũng như một bộ phim "bom tấn" [12][48].